Fermentatie is ook een lastig proces. Omdat wordt gewerkt met organismen, is de output niet altijd gegarandeerd. Vandaar dat de industrie zoekt naar zo robuust mogelijke organismen – gisten, enzymen et cetera – die hun taak zo goed mogelijk uitvoeren en niet bij het minste of geringste ‘verzet’ hun werkzaamheden staken.
Het spreekt voor zich dat betere inzichten in het genoom gaan leiden tot organismen die, vergeleken met hun voorgangers, beter gaan presteren.
Een andere bottleneck is de apparatuur. Deze is verre van goedkoop. In geval van aerobe fermentatie zorgt de mechaniek, het roermechanisme, voor extra investerings- en onderhoudskosten. Aerobe fermentatie zorgt ook voor opschalingsproblemen vanwege de overdracht van gas en water op het eindproduct. Voornamelijk vanwege deze complicerende factoren heeft Wageningen UR heeft pijlen gericht op anaerobe fermentatie. Dit proces is voorspelbaarder en goedkoper waardoor industriële toepassingen eerder in zicht komen.
Er zit niet alleen ruimte naar boven in het proces en de robuustheid/effectiviteit van de organismen, maar ook in hun voedingsbodem. Vaak is het een mix van suikers en stikstofrijke componenten. De optimale compositie hangt sterk af van het organisme. In combinatie met andere procesparameters, zoals de zuurgraad, kunnen we op labschaal de omstandigheden perfectioneren. We kijken ook naar goedkopere voedingsbodems om de totale proceskosten te reduceren. Kansrijke voedingsbodems ziijn onder meer afvalstromen uit de landbouw, de veehouderij (mest) en de voedingsmiddelenindustrie. Vaak bevatten deze stromen suikers en nutriënten en zijn dus geschikt voor allerlei fermentaties.
Uiteindelijk zal fermentatie meer en meer toegankelijk worden voor producten waar deze technologie nu nog (te) kostbaar voor is, zoals biofuels. Het ontwikkelen van de laatstgenoemde markt is echter niet alleen een kwestie van technologie(ontwikkeling), maar ook van politieke besluitvorming. Vooralsnog zit de marktontwikkeling vooral in voedingsmiddelen en/of additieven voor de food, zoals smaak- en geurstoffen en de fijnchemie (cosmetica e.d.).
